在新文化運動的前期，陳獨秀的激進的革命民主主義是以進化論作為哲學基礎的。他認為進化論反對宗教，反對聽天由命，教導人們要以智力勝天。正因為有了進化論，物力和人力，生產(chǎn)和科學才能迅速發(fā)展。生存競爭、優(yōu)勝劣敗的理論促進了西方社會文明的進化。“自宇宙之根本大法言之，森羅萬象，無日不在演進之途”(《敬告青年》。“萬物之生存進化與否，悉以抵抗力之有無強弱為標準。優(yōu)勝劣敗，理無可逃。”所以，他一再強調(diào)：“世界一戰(zhàn)場，人生一惡斗，一息尚存，決不逃遁茍安之余地。”(《抵抗力》)人應該做征服者，而不要自居于被征服者的地位。中國人沒有斗爭精神的劣根性，是由于長期封建專制統(tǒng)治和孔子學說造成的，不改變這種劣根性，中國人就無法在世界上獲得獨立自主的地位。陳獨秀還以進化論為武器，有力地抨擊了“老尚雌退，儒尚禮讓，佛尚空無”的傳統(tǒng)影響，指出必須消除這種傳統(tǒng)觀念，強調(diào)入力勝天，強調(diào)革命斗爭。

陳獨秀認為，進化論與經(jīng)驗論、功利主義是結(jié)合在一起的。要改變那種以亡國賤奴自處的根性，就必須提高人們的倫理覺悟，建立起講求個性解放、個人主義與功利主義的人生觀。他說：“人之生也，求幸福而避痛苦，乃當然之天則。”人的活動所要達到的目標就是：“內(nèi)圖個性之發(fā)展，外圖貢獻于其群。”避免痛苦，追求幸福是道德的基礎。道德責任以意志自由為前提，所以要尊重個人獨立自主的人格，不為他人的附屬品。因此，“執(zhí)行意志，滿足欲望，(自食色以至道德的名譽，都是欲望。)是個人生存的根本理由，始終不變。(此處可以說‘天不變道亦不變’)。”(《人生真義》)這顯然是抽象人性論觀點，而且也把意志形而上學化了。

陳獨秀的哲學理論有其科學與現(xiàn)實主義的一面，認為科學就是“吾人對于事物之概念，綜合客觀之現(xiàn)象，訴之主觀之理性而不矛盾之謂也”(《敬告青年》)。肯定科學要“事事求諸證實”，肯定真理是客觀的，不是憑空構(gòu)想出來的。他也強調(diào)現(xiàn)實主義，認為教育要把現(xiàn)實主義放在第一位。指出：“唯其為現(xiàn)實也，……此近垂歐洲之時代精神也”，“一切思想行為，莫不植基于現(xiàn)實生活之上”(《今日之教育方針》)。陳獨秀的現(xiàn)實主義精神包含有唯物論的因素，這就為其向唯物史觀轉(zhuǎn)化奠定了有利基礎。

1920年陳獨秀發(fā)表了《談政治》一文，標志他已由激進民主主義者轉(zhuǎn)變?yōu)轳R克思主義者，他對“民主”的解釋已經(jīng)變成了社會主義民主的觀念。在反對假社會主義、批判無政府主義的論戰(zhàn)中，大力宣傳科學社會主義。1921年，在復蔡和森的信中，指出：“唯物史觀是研究過去歷史之經(jīng)濟的說明，主張革命是我們創(chuàng)造將來歷史之最努力、最有效的方法。”二者是統(tǒng)一的。他認為“唯物史觀的要義是告訴我們歷史上的一切變化是隨著經(jīng)濟制度的變化而變化的”。根據(jù)這個“要義”，他引伸出用革命方法創(chuàng)造將來的三點教訓：“一種經(jīng)濟制度要崩壞時，其他制度也必然要跟著崩壞，是不能用人力來保守的”；“我們對于改造社會底主張，不可蔑視現(xiàn)社會經(jīng)濟的事實”；“我們改造社會應當首先從改造經(jīng)濟制度入手”。因此，“我們固然不能忘了自然進化的法則。然同時我們也不可能忘了人類有利用自然法則來征服自然的事實”。這就是說，人在自然法則面前不是無能為力的，人能夠依據(jù)進化法則來推動歷史前進。馬克思主義的科學性與革命性是統(tǒng)一的，并沒有“自相矛盾”。可見，陳獨秀在哲學上已由進化論轉(zhuǎn)變?yōu)槲ㄎ锸酚^了。

依據(jù)唯物史觀的原理，陳獨秀還批判了所謂個性自由解放之說。指出：“我們常常有一種特別的見解和一時的嗜好，自以為是個性的，自以為是反社會的，其實都是直接間接接受了環(huán)境無數(shù)的命令才發(fā)生出來的。”所以，“個人不能夠自己自由解放，就是一團體也不能自由解放”(《虛無的個人主義及任自然主義》)。最切實的辦法就是依據(jù)馬克思主義的唯物史觀來努力改造世界。

1922年，陳獨秀發(fā)表了《馬克思學說》一文，系統(tǒng)的宣傳了馬克思主義唯物史觀關于社會基本矛盾的主要內(nèi)容，指出當生產(chǎn)力發(fā)展到一定階段，舊的生產(chǎn)關系基本上不能同它相適應；經(jīng)濟基礎發(fā)展到一定階段，舊的上層建筑基本上不能同它相適應時，就必然要促使社會根本性質(zhì)的改變，從而引起社會革命，推進社會的發(fā)展與進步。陳獨秀的這些看法基本上是符合馬克思主義原意的。

1923年在科學與人生觀的論戰(zhàn)中，陳獨秀又對胡適等人的唯心主義多元歷史觀進行了有力地批判，并在批判過程中進一步闡發(fā)了歷史唯物主義關于社會存在和社會意識相互關系的原理。他說：“第一，唯物史觀所謂客觀的物質(zhì)原因，在人類社會，自然以經(jīng)濟(即生產(chǎn)方法)為骨干。第二，唯物史觀所謂客觀的物質(zhì)原因，是指物質(zhì)的本因而言，由物而發(fā)生之心的現(xiàn)象，當然不包括在內(nèi)。世界上無論如何徹底的唯物論者，斷不能不承認有心的現(xiàn)象即精神現(xiàn)象這種事實；……唯物史觀的哲學者也并不是不重視思想文化宗教道德教育等心理現(xiàn)象之存在，惟只承認他們都是經(jīng)濟的基礎上面之建筑物，而非基礎之本身。”又說：“在社會的物質(zhì)條件可能范圍內(nèi)，唯物史觀論者不否認人的努力及天才之活動，我們不妄想造一條鐵路通月宮，但我們卻不妨妄想造一條鐵路到新疆；我們不妄想學秦皇漢武長生不老，但我們卻不妨極力衛(wèi)生以延長相應的壽命與健康的身體。人的努力及天才之活動，本為社會進步所必需。然其效力只在社會的物質(zhì)條件可能之內(nèi)。思想知識言論教育，自然都是社會進步的重要工具，然不能說他們可以變動社會解釋歷史支配人生和經(jīng)濟立在同等地位。”(《答適之》)

陳獨秀在新文化運動中是一位杰出的反對封建主義文化的堅強戰(zhàn)士，在哲學上他以進化論為武器，提倡科學與民主，提倡個性解放，有力地抨擊了封建專制主義與孔子消極保守的學說。他在接觸馬克思主義以后，能夠迅速順應歷史發(fā)展的客觀規(guī)律，勇于放棄舊思想，接受新事物，從進化論者轉(zhuǎn)變成為馬克思主義者。在反對封建文化與傳播唯物史觀運動中，做出了一定的貢獻。

陳獨秀的主要哲學著作有：《敬告青年》、《抵抗力》、《東西民族根本思想之差異》、《吾人最后之覺悟》、《憲法與孔教》、《孔子之道與現(xiàn)代生活》、《人生真義》、《談政治》、《馬克思學說》、《科學與人生觀》序、《答適之》等。